Fué un científico, militar, geógrafo, botánico, astrónomo, naturalista, periodista, prócer y mártir colombiano. Por su erudición y vastos conocimientos sobre tantas disciplinas fue conocido entre sus contemporáneos como El Sabio, epíteto con el cual pasó a la historia.
la principal formación científica que recibió Caldas fue por parte de José Felix de Restrepo

A partir de 1798, hizo observaciones astronómicas y desde 1800 se interesó por la Botánica. En 1801 entró en comunicación con el director de la Expedición Botánica, José Celestino Mutis. En diciembre de ese año se entrevistó en Quito, infructuosamente, con el barón Alexander von Humboldt y con Aimé Bonpland.

Se vinculó a la Expedición Botánica y recorrió el norte del Ecuador. La Expedición logró como resultado el inventario de más de cinco mil especies de vegetales, insectos, aves, estudios climáticos y geográficos en los que participó el sabio Caldas, quien determinó los pisos térmicos e hizo una clasificación de los climas según la altitud. En 1806 regresó a Santafé, con un herbario y equipos astronómicos, para poner en marcha y dirigir el Observatorio Astronómico.

La primera parte de la literatura científica de Francisco José de Caldas se publicó en El Papel Periódico de la Ciudad de Santafé de Bogotá, dirigido por Manuel del Socorro Rodríguez, y el Correo Curioso, publicación erudita, económica y mercantil, bajo la tutela de Jorge Tadeo Lozano.

Entre sus tratados destacan El estado de la geografía del virreinato con relación a la economía y al comercio (1807) , y El influjo del clima sobre los seres organizados” (1808), en que enfatizó en las diferencias entre el trópico y las zonas templadas y la diversidad tropical. Fundó a comienzos de 1808 el Semanario del Nuevo Reino de Granada, órgano de difusión del pensamiento científico y cultural, incluida su propia obra.